No existe la confirmación de la existencia de un asentamiento romano en el término de Algimia de Almonacid, si bien la existencia de una inscripción romana en el camino que une esta localidad con Alcudia de Veo parece indicar la posibilidad de dicho asentamiento.
La actual población es de origen musulmán, siendo reconquistada por Jaime I en 1238 quien la donó el 22 de mayo del mismo año a Berenguer de Palou, obispo de Barcelona.
Más adelante, la posesión llegó a manos de Sancha Ferrandis, como sucesora del primer dueño de la localidad, quien se casó con Jaime Pérez, hijo de Pedro IV, para el cual había creado el señorío de Segorbe por lo que ambos señoríos quedaron unidos. Dicha unión permaneció hasta 1430 debido a que Alfonso V se anexionó las posesiones de Fadrique, conde de Luna debido a su traición en la guerra que había mantenido contra Castilla.
En 1437, el rey vendió el castillo de Almonacir a Vidal de Castellá. Tras diversas herencias, el castillo de Almonacir recayó en manos de la casa ducal de Cardona, que estaba unida al ducado de Segorbe desde 1562. Aunque este hecho fue efímero debido a que el 8 de mayo de 1581 fue vendida a don Dionisio de Reus que la cedió a la condesa de Aranda.
Pero sin duda, el momento más importante de la historia de la localidad fue la revuelta de los moriscos del año 1610. Estas violentas luchas fueron provocadas con motivo de la orden de expulsión de los moriscos decretada por la corona.
Tras dichas expulsión la localidad fue repoblada por Pedro de Urrea con familias cristianas procedentes de Navarra y Puebla de Arenoso.
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